新版标准主要有以下三方面的变化：
    第一， 新版ISO 13485:2016 标准更加强调法规要求，它兼容了包括美国 FDA QSR 820、日本J-Pal法规169、巴西GMP 、欧盟MDR & IVDR 、加拿大、澳大利亚和中国 CFDA 《质量管理规范》等国家医疗器械法规的要求。新标准全文共有68 处提到法规要求，相比较ISO 13485:2003 的16 处提到法规要求有了巨大的变化。标准中每个法规的使用都可能在各国找到对应的法规要求，都是质量管理体系和法规的链接点，要求企业建立质量管理体系的时候能够识别对应的这些法规要求，并将这些法规要求融入质量管理体系中去。另外，通过建立和运行ISO 13485:2016 质量管理体系，可以帮助企业更好地进行新产品上市前的注册以及上市后的售后监督。
    第二， 新版标准更加强调风险管理，它在原有对产品（医疗器械）进行风险管理的基础上，增加了要基于风险来建立整个质量管理体系，并且特别强调和明确了一些流程要基于风险来确定控制的方法，比如采购、外发控制、来料检验、软件确认、以及培训的效果评估等。 另外还要求客户反馈要输入风险管理。 通过风险管理来控制流程，监控上市后产品可能出现的问题和风险，动态的跟进和管理风险。这种全过程的风险管理更合ISO 14971 匹配。
    第三， 新标准融入了很多行业的最佳实践，特别是对设计和研发的部分，能帮助企业识别客户需求，设计出更符合客户需求、安全和有效的产品。比如，标准要求设计的输入要包括使用者的需求（可用性Usability）, 通过可用性的工程过程来识别和患者使用过程中的风险，避免可预见的差错，提高使用的安全和效率，增加使用者的满意程度。另外标准还要求设计过程中要保持设计输入、输出、验证和确认之前的追溯性，并要求设计的验证和确认要求明确的计划，并包括基于统计技术的样本数的理由，这样更好的保证医疗器械的功能、性能、安全和有效性能得到满足和证实。 新标准对设计和研发的新要求，能保住中国很多企业提升自己的研发能力，生产出满足客户需求，安全有效的产品，增强自身的核心竞争能力。
    医疗器械在国际上不仅只是一般的上市商品在商业环境中运行，它还要受到国家和地区法律、法规的监督管理，如美国的FDA、欧盟的MDD（欧盟医疗器械指令）、中国的《医疗器械监管条例》等。因此，该标准必须受法律约束、在法规环境下运行，同时必须充分考虑医疗器械产品的风险，要求在医疗器械产品实现全过程中进行风险管理。所以除了专用要求外，可以说ISO13485实际上是ISO9001标准在医疗器械法规环境下的特殊应用。ISO13485配合医疗器材产业特性加以增列及删除部分ISO 9001条文，是一个独立的标准，不是ISO9001标准在医疗器械行业中的实施指南，两者不能兼容。