建立体系的过程就是结合企业性质和特点，将标准具体化为企业的健康、安全与环境管理体系文件的过程。健康、安全与环境管理体系，是个文件化的体系，按标准要求建立的体系文件是企业实施健康、安全与环境管理的规范。
1． HSE管理体系文件的结构
    参照ISO10013《质量手册编制指南》附录A的描述和体系设计方案中文件层次的开发，HSE管理体系可分为三个层次，即：
（1）管理手册（A层文件）；
（2）程序文件（B层文件）；
（3）支持性文件（C层文件）；
    建议企业可以与ISO9000系列、ISO14000系列相符的现行管理体系，作为HSE管理体系的基础。可以在管理体系文件方面实行HSE与质量和（或）环境的一体化。这样做可使质量管理体系文件、环境管理体系文件和HSE管理体系文件具有完整性，避免重复，便于实施管理。但是鉴于目前大多数企业落后的健康、安全与环境管理的现状，同时为了加强健康、安全与环境意识，突出 重点，在建立HSE管理体系的初期仍建议企业编制独立的HSE体系文件。
2． 编写体系文件的原则
    写你要做的，做你所写的，记你所做的。即：标准要求的要写到，文件写到的要做到，做到的要有效。文件写完后一定要下发讨论和修改，达到所写即所做。
3．编写体系文件的基本要求
1）系统性
（1）企业应对其HSE管理体系中采用的全部要素、要求和规定，系统条理地制定各项方针和程序；
（2）所有文件应按统一规定的方法编辑成册；
（3）各层次文件应涉及HSE管理体系一个逻辑上独立的部分；
（4）各层次文件应做到接口明确、结构合理、协调有序。
2）法规性
（1）体系文件应在总体上遵循SY/T6276-1997标准，以及国家或上级有关法规要求；
（2）文件一旦批准实施，就必须认真执行；
（3）文件修改只能按规定的程序进行。
3）协调性
（1）体系文件的所有规定应与组织的其他管理规定相协调；
（2）体系文件应与有关技术标准、规范相互协调。
（3）体系文件之间应相互协调。
4）见证性
（1）体系文件作为客观证据（适用性证据和有效性证据）管理者、相关方、第三方审核机构证实本组织HSE管理体系的运行情况；
（2）对于审核来讲，HSE管理体系文件可作为下列方面的客观证据。
5）惟一性
①危险因素、环境因素已被识别；
②有关活动的程序已被确定并得到批准；
③有关活动处于全面的监督检查之中；
④程序处于更改控制之中；
⑤对一个企业，其HSE体系文件是惟一的理解；
⑥通过清楚、准确、全面、简单扼要的表达方式，实现惟一的理解；
⑦决不允许针对同一事项的相互矛盾的不同文件同时使用。
6）适用性
①体系文件应根据企业规模、生产活动的具体性质采取不同的形式；
②任何体系文件都应依据标准的要求和企业的实际；
③所有文件规定都应在实际工作中能得到有效的贯彻；
④体系文件的详略程度应与人员的素质、技能和培训等因素相适应。
4．体系文件编写的方式
1）自上而下依次展开方式（本文采用的方式）
    按承诺、方针目标、管理手册、程序文件、作业文件的顺序编写，这有利于上一层次文件与下一层次文件的衔接，但对文件编写人员的素质要求较高，文件编写所需时间较长，且必然伴随着反复修改。
2）自下而上的编写方式
    按基础文件、程序文件、管理手册的顺序编写，这适用于原管理基础较好的企业，但如无总体设计方案指导易出现混乱。
3）从程序文件开始，向两边扩展的编写方式
    先编写程序文件，再开始手册和基础性文件的编写，实质是从分析活动，确定活动程序开始，有利于标准的要求与企业实际紧密结合，也可缩短文件编写时间。