为保持与ＧＢ／Ｔ１９００１－２００８的一致性，解决ＧＪＢ９００１Ａ实施以来存在理解不一致或不易操作的问题，引入在体系建设和运行中积累的成功经验，国家有关部门于２００８年４月启动了ＧＪＢ９００１Ａ的修订工作，于２００９年６月形成了ＧＪＢ９００１Ｂ征求意见稿。目前最新版GJB9001B-2009已于2009年12月22日发布，2010年4月1日正式实施。新版GJB9001B的主要变化有：
一、强化了软件质量管理
    新标准中特别强调了对软件的质量管理，明确要求对于承担装备软件和硬件研制任务的单位，应在依照ＧＪＢ９００１建立的质量管理体系的基础上，将ＧＪＢ５０００《军用软件研制能力成熟度模型》有关质量管理体系的要求逐步融合进去。并且提出了软件过程和工程化管理要求，提出应从需求分析、设计、实现、测试、验收与交付直到使用的全过程进行策划，实施需求管理、策划与跟踪、文档编制、测试、质量保证、配置管理等工作，必要时，还应进行软件评审。
二、引用了ＧＪＢ３６８等国军标
    新标准将ＧＪＢ ３６８等通用质量特性标准列为引用文件，明确将可靠性、维修性、保障性、测试性、安全性和环境适应性等通用质量特性标准的贯彻实施能力作为认证审核的要求之一。如在策划的输出中，提出应给出可靠性分配、预计、故障模式、影响及危害性分析（ＦＭＥＣＡ）、试验与评价等报告，维修性和测试性分析、试验与评价等报告，产品安全性分析报告，环境适应性设计、试验与评价等报告，必要时进行质量特性以及元器件和计算机软件等专题评审，并把评审结论和跟踪结果向顾客通报。
三、完善了对交付和交付后活动的要求
根据以往的实践经验和工作上的薄弱环节，新标准对产品交付和交付后活动内容进行了补充和完善，增加了有关产品使用和维护技术培训、各种技术文件的控制，并特别明确了要收集和分析使用中、服务中的信息，对交付后发现问题时，要采取相应措施（包括调查、处理和报告）。
四、提升了质量管理体系的高度
    ＧＢ／Ｔ１９００１－２００８规定管理者代表应是管理层成员，而ＧＪＢ９００１Ｂ征求意见稿则进一步要求管理者代表应是能参加质量管理体系决策的最高管理层的成员，提升了质量管理体系的高度。
五、规定质量目标要有追求性
    质量目标应体现对产品质量水平的追求，与顾客的期望相适应。组织应保持质量目标实施和评价的记录。
六、组织应制定、实施质量管理体系年度改进计划
    征求意见稿要求制定质量管理体系年度改进计划，我公司一直以来制定并实施了质量工作年度计划，实际上包含了质量管理体系年度改进计划。
七、明确将工艺设计纳入体系控制范围
　ＧＪＢ９００１Ａ对产品的设计和开发提出要求，但没有对工艺设计提出要求。新标准征求意见稿明确了设计和开发控制范围应包括工艺设计和开发。具体要求是在设计和开发输入时，应输入工艺过程要求；设计和开发输出时，应包括产品规范、工艺总方案、工艺规程等工艺文件。
八、强化新产品试制准备状态检查和首件鉴定
    明确了在顾客要求时，应邀请顾客参加新产品试制准备状态检查、首件鉴定。首件鉴定包括非连续生产的批次，或者在批生产中生产过程发生重大更改或技术状态发生更改时。
九、强化了对供方的控制
    组织应对外包过程进行评审，实施前得到批准，监督外包过程的执行。顾客要求时，外包过程须经顾客同意。当组织委托供方进行验证时，应规定委托的要求并保持委托和验证的记录。特别是，当确认供方对不合格问题承担责任时，应向供方传递纠正措施要求。
十、明确了对工作环境的检测记录要求
    对需要控制的工作环境，应保持检测、控制和改进措施的记录。