军工组织的质量管理体系与民用组织的质量管理体系有相同之处，共同遵循质量管理的普遍原则，共同满足质量管理体系国家标准的基本要求，但又与民用组织有一定的区别。正是出于这些区别，决定了对军工组织的质量管理体系的要求比民用组织要多、要高。主要区别在于：
(一)军工产品与民用产品在质量要求上的区别。
    军工产品是用于打仗的，其质量的优劣直接关系到战争的胜负，国家的安全。因此，对军工产品的质量要求比对民用产品的质量要求更高。“百分之九十九不行，非百分之百不可”。为此，在质量控制上要有更加严格的措施。如增加“使用代用器材，需经审批，影响关键或重要特性的器材代用应征得顾客同意”，“参与不合格品审理的人员，需经资格确认，并征得顾客的同意，由最高管理者授权”等，就是严格质量控制的措施体现。
(二)军工产品与民用产品的顾客区别。
    民用产品的顾客可以是确定的，也可以是不确定的，而军工产品的顾客是确定的，就是部队。更加明确质量监督权利，无论是对促进军工组织的质量管理体系建设还是保障部队的权益，都是有利的，而且也是可以实施的。因此，军用标准对军工组织为满足顾客要求提出了更多、更高的要求。同时，更加明确了顾客在军工组织的质量管理体系建立和运行中的监督权力。
(三)军工产品与民用产品在使用管理上的区别。
军工产品使用上实行的是“全系统、全寿命”的管理，产品从设计阶段开始，就要考虑使用中的“可靠性、维修性和综合保障性"、“按规定的要求确定并提出产品交付时需配置的保障资源”，产品一旦设计定型，是不能随便更改的。如果要更改，就必须“按定型工作有关规定办理”。产品交付时，“接规定要求提供有效技术文件、配套备附件、测量设备和其他保障资源”。产品交付后，“对技术培训、技术咨询、安装或维修、备品及配件供应等售后服务有充分的技术和资源，并按规定实施；接规定委派技术人员到使用现场服务。”
(四)军工产品与民用产品在质量责任上的区别。
    由于军工产品的质量责任重大，强化军工组织最高管理者的事业心和责任心是十分重要的。为此，军用标准中把最高管理者界定为“组织的最高行政领导，如厂长、所长、总经理”，而不像国家标准把最高管理者定义为“在最高层指挥和控制组织的一个人或一组人”。同时对最高管理者增加了职责和权限要求，如“最高管理者应确保质量管理部门独立行驶职权。最高管理者应对最终产品质量和质量管理负责。最高管理者应确保顾客能及时获得产品质量问题的信息。”
(五)军工产品有着与民用产品不同的科研生产的特别经验。
    军工产品的科研和生产经历了几十年，有成功也有失败的历史，积累了丰富的经验，形成了一套行之有效的中国特色的国防军工质量管理办法。如增加“对复杂产品实现的各阶段都应进行风险分析和评估…”、“编制关键件(特性)、重要件(特性)项目明细表”、“在试制过程中进行首件鉴定”、“对首件产品进行自检和专检”、“应建立并运行故障报告、分析与纠正措施系统”“在产品正式生产前要编制生产质量保证大纲，要进行生产前准备状态检查”等等，都是这些宝贵经验的体现。这些办法是一笔宝贵的财富，对于指导以后的军品质量管理有着十分重要的作用。